شكست خورد ، ولى باز شاه حرف او را مىپذيرفت و مقام ملّا باشى را كه مخصوصا ايجاد كرده بود به وى تفويض نمود . وضع زردشتىها محمد باقر مجلسى و محمد حسين و اطرافيان آنها نسبت به زردشتيها در ايران با نهايت خشونت رفتار مىكردند . در زمان پادشاهان سابق صفوى ، اين مردم بدبخت ، زجر و آزارها ديده بودند و ليكن تعقيب و مجازات آنها در زمان شاه سلطان حسين تشديد شد . اين پادشاه فاسد ، سبك مغز و شهوت‌ران بعد از جلوس به تخت سلطنت ، فرمانى به منظور مسلمان كردن اجبارى زردشتيان صادر نمود ؛ در سال 1699 سراسقف آنقره . . . شاهد اجراى اين فرمان ، مخصوصا در حسن‌آباد يعنى قسمت زردشتىنشين اصفهان بود و عدّهء زيادى از زردشتيها ناچار اسلام آوردند ، آتشكدهء آنها ويران ، و به‌جاى آن مدرسه و مسجدى برپا شد ، ولى زردشتيان قبل از اين عمل موفّق شدند كه از بىاحترامى مسلمانان نسبت به آتش مقدّس جلوگيرى كنند و آن را به كرمان ببرند ، زيرا در آنجا دربارهء مذهب آنها كمتر سخت‌گيرى مىشد . بعدها در كرمان نيز با اين عدّه چنان به بدى رفتار كردند كه وقتى سنىهاى طايفهء غلجايى به رهبرى محمود افغان در سال 1719 كرمان را گرفتند ، زردشتيان نه‌تنها مهاجمان را دشمن خود ندانستند ؛ بلكه آنها را ناجى و آزادكنندهء خود محسوب داشتند . كليمىها كليميهاى ايران ، مثل زردشتيان ، در زمان پادشاهان پيشين - چنان كه اشاره شد - زجر و آزار فراوان ديده بودند . بعد از جلوس سلطان حسين ، زنده‌كنندگان آيين تشيّع ، حملات خود را متوجه كليميها و زردشتيان ايران كردند و بسيارى را به زور به كيش اسلام درآوردند . . . در حقيقت رنج و عذاب كليميها در زمان شاه سلطان حسين چنان شديد بود كه يكى از مورّخان معاصر گفته است : « فقط انقراض سلسلهء صفويّه ، در نتيجهء حملهء موفقيّت‌آميز افاغنه و روى كار آمدن پادشاه غير متعصّبى مثل نادر شاه بود كه كليميهاى اصفهان و به‌طور كلّى كليميهاى ايران را از نابودى كامل نجات داد . در زمان شاه عبّاس اول - كه آدم غير متعصّبى بود - و شاه عبّاس دوم ، قانونى وجود داشت كه به موجب آن اگر يك نفر كليمى يا عيسوى اسلام مىآورد ، مىتوانست اموال خويشان خود را تصاحب كند .